Mezi úkoly vojenských záchranných útvaru patří pomoc při ochraně obyvatelstva za krizových situací. Hlavní úkoly jsou

• Zřizování dekontaminačních míst při havárii v jaderných elektrárnách (Temelín, Dukovany)
• Výstavba materiální základny humanitární pomoci (pro 450 osob)
• Vyčleňování záchranného týmu UNSAS pro OSN/EU (ve spolupráci s VZÚ 5876 Olomouc v počtu 40 osob s nezbytnou technikou a materiálem)
• Zajistit vyčleněné síly a prostředky v požadované pohotovosti k nasazení ve prospěch IZS ČR
• Poskytnutí podpory IZS ČR a Policii ČR

Vyžádat síly vojenského záchranného útvaru může pouze oprávněná osoba. Zpravidla se síly vojenských záchranných útvarů vyžadují v situacích, kdy nemohou pomoci ostatní složky IZS ČR, tedy při náročnějších haváriích, katastrofách nebo při jiných krizových situacích. Velitel útvaru pak vyčlení potřebnou techniku a odřady a v rámci pohotovostní připravenosti jednotky vyrazí k zásahu.